《玄境OL》游戏取自盘古开天辟地之后。盘古开天之后，因为耗尽了全身力气而沉睡不行。万年之后身体化为神州大地的山川湖泊、草木鸟兽，又是万年之后有伏羲、神农、女娲三位圣人教化万民，泱泱神州一片繁荣的景象。
然而在天地还是一片混沌的时候，混沌便有了灵魂，只不过尚不具备情感，万年之后，神州大地有了人类，于是便有了私欲，三位圣人对人类的宠溺使得私欲横流于神州，潜藏在大地之下的混沌之灵在不知不觉中被这无穷无尽的负面情感玷污，终于产生了对世间万物的憎恨。
具备了情感的混沌之灵自号元祖魔君，其对盘古的怨气无穷无尽、吞天覆地，但被大地压制，不为外人所知。元祖魔君借少许渗入人间的怨气或附身、或利诱，利用一切可利用的人类为祸人间，其中共工氏更是建立了巫族，毁掉了不周山，试图放出元祖魔君，而三位圣人终于出手，用八卦将元祖魔君封印于九泉之下。
因为有八卦封印坐镇，纵然元祖魔君的使徒们在人间杀戮无数制造怨气以助元祖魔君修炼，但元祖魔君仍不得而出。然而九九之数即将过去，大阳之后即将进入极阴之年，八卦封印已然松动，元祖魔君的使徒们投入秦国王室，利用秦人统一中原的野心加入秦师，不断攻打其他诸侯，祸乱天下以助元祖魔君借人间怨气破封而出，灭世的阴影正在不知不觉中罩向整个人间。
